Az X-Akták és a Kaliforgia sztárja hivatalosan is elvált Te Leonitól, három évvel azután, hogy úgy döntöttek, külön élnek. Két gyerekük van, a felügyelet közös marad, de a színész 40 ezer dollárt kénytelen fizetni havonta feleségtartás gyanánt, és további 8 ezer 333 dollárt a gyerekek után. Ez forintra átszámolva durván 11 millió havonta, de emellett Duchovny fizeti a gyerekek magániskoláját, későbbi felsőfokú tanulmányait és nyári táborait.
A pár 1997-ben házasodott össze, 2008-ban ment szét először. A színész szexfüggőségét gyógyíttatta egy erre megfelelő intézményben, majd összejöttek megint. 2011-ben költöztek külön másodjára.
